Menenjit, beyin ve omuriliği saran zarların (meninks) ve özellikle en içte yer alan ince zar (Pia mater) ile onun üstünde yer alan örümceksi zarın (Araknoid) iltihabıdır. İltihaplanma, bu iki zar arasında yer alan örümceksi zar altı aralıktaki beyin-omurilik sıvısında da görülür.

Örümceksi zar altı aralığı, beyin ve omuriliği kesintisiz biçimde çevreler. Bu yüzden, beyin zarını aşmayı başaran enfeksiyon etkeni, son derece ince olan aralık boyunca yayılır. Ayrıca, beyin boşluğu ile beyin zarı arasında birleştirici yollar bulunması nedeniyle enfeksiyon beyin karıncıklarına da ulaşır. Bu ilerlemenin sonucunda iltihap, beyin zarı ile beyin-omurilik sıvısı dışında kafa sinirlerinin köklerine, omurilik sinirlerine ve ince zar altındaki beyin ve omurilik dokularına da yayılır.

Bakterilerle oluşan menenjitlerin yaklaşık yüzde 90'ında etken mikroorganizma meningokok (Neisseria meningitidis) ve pnömokok (Streptococcus pneumoniae) türleridir. Haemophilus influenzae, stafilokoklar ve bazı diğer streptokoklar ile çeşitli bakteriler de menenjit etkenidir. Bunlar yetişkinlerde ender olarak hastalığa yol açar. Ancak Haemophilus influenzae, 4 yaşın altındaki çocuk ve bebeklerde en önemli menenjit etkenidir. Başta kabakulak virüsü olmak üzere birçok virüs menenjitin etkenleri arasındadır. Günümüzde azalmakla birlikte vereme bağlı olarak da menenjit görülebilir. Özellikle göllerde yüzen kişilerde Naegleria fowleri adlı amip türünün bulaşmasıyla ortaya çıkan menenjit, ender görülmekle birlikte ölümcüldür. Öte yandan bağışıklık sistemi baskılanmış kişilerde, özellikle AIDS hastalarında, maya grubu mantarlardan Cryptococcus neoformans menenjit etkeni olarak gittikçe daha sık görülmektedir.

Meningokokların kaynağı, menenjit hastaları ve daha da sık olarak hastalık belirtisi vermeyen taşıyıcılardır. İyileşme dönemindeki hastalar, meningokokları 2-3 haftadan daha uzun bir süre taşımadıkları için hastalığın yayılmasında önemli rol oynamazlar. Bu nedenle sağlıklı taşıyıcılar, meningokokların bulaşması açısından daha büyük tehlike yaratır. Bu kişiler, iyileşme dönemindeki hastalarla aynı süre boyunca enfeksiyonu bulaştırabilirler. Ancak sağlıklı taşıyıcıların sayıca çok daha fazla olması, kısa bulaştırıcılık dönemine karşı önemli bir tehlike yaratır. Bulaşma hemen hemen yalnızca havaya yayılan mikroplu damlacıklar yoluyla gerçekleşir. Hastanın öksürük, hapşırma, konuşma gibi etkinlikleri sırasında çevreye saçtığı damlacıkları solunum yollarına alan sağlıklı kişiler enfeksiyona yakalanabilir. Burun ve yutak yoluyla vücuda giren enfeksiyon etkeninin ilk ve en sık rastlanan belirtisi, soğuk algınlığında görüldüğü gibi burun-yutak iltihabıdır. Ardından mikropların kan yoluyla beyin zarlarına ulaşması sonucu menenjit ortaya çıkar. Pnömokok ve Haemophilus influenzae, kan yolu dışında kafatası tabanının ön kısmında yer alan etmoid (kalbursu) kemikten geçerek beyne giden koku siniri lifleri yoluyla da beyin zarına ulaşabilir. Bunların dışında bazı bakteriler, bel ponksiyonu (belden su alma), sinir sistemine yönelik cerrahi girişimler, derin yaralanmalar ve kemik kırıkları yoluyla doğrudan beyin zarına ulaşarak ya da kemik, beyin, omurilik, kulak ve mastoid enfeksiyonlarının ardından menenjite yol açabilir.